В 1642 г. в Ирландии вспыхнуло восстание против английского владычества. Ирландцы сражались под католическими и роялистскими лозунгами. В августе 1649 г. Кромвель со своими войсками высадился в восставшей стране. Он не мог допустить, чтобы Ирландия превратилась в плацдарм для сторонников монархии и враждебных держав. Кроме того, он намеревался колонизировать её в интересах купцов Сити и своих солдат. Последние должны были получить поместья в Ирландии за службу. Перед походом Кромвель заявил солдатам, что они новые «воины Израиля», идущие в Ханаан, дабы покарать обитающих там нечестивцев.
Ощущение собственной богоизбранности наряду с задачами колонизации толкали Кромвеля на жестокие поступки. Массовые убийства ирландских повстанцев он назвал «справедливым Божьим судом над жалкими варварами».
Английская армия действительно покарала мятежников с ветхозаветной беспощадностью. После штурма крепости Дрогеды, как писал Кромвель, «мы предали мечу всех, я не думаю, чтобы их уцелело более 30 человек; да и тех сошлём на Барбадос». Гарнизон крепости насчитывал 3 тыс. человек. Командовавшего обороной губернатора забили до смерти его же собственной деревянной ногой. Такими зверскими методами к лету 1652 г. восстание было подавлено. Лишь небольшие отряды партизан тори рыскали по непроходимым лесам и болотам. За принесённую голову партизана англичане давали награду. Другим способом заслужить помилование было принятие протестантизма.
В результате нашествия армии Кромвеля в Ирландии из 1500 тыс. человек осталось в живых только 600 тыс. Это был настоящий геноцид. Страна опустела, на развалинах селений выли волки. Кромвель провёл массовую конфискацию ирландских земель. Они достались английским офицерам, подрядчикам армии и различным лицам, которых хотело отметить правительство. Небольшие наделы, по нескольку акров земли, получили и солдаты, но они без особой охоты оставались во враждебной Ирландии. Выданные им государственные обязательства на ирландскую землю (debentures) солдаты, как правило, продавали за гроши авантюристам и офицерам.
Справедливости ради следует сказать, что и ирландские повстанцы не отличались мягкосердечием и вырезали колонистов целыми семьями