С объединением Верхнего (южного) и Нижнего (северного) Египта (ок. 3000 г. до н.э.) приемы изображения богов стали более разнообразными. На ранних изображениях этого периода фараоны предстают с могущественными животными — символами на знаменах или в качестве помощников в сценах войны или охоты. Самыми популярными сакральными животными были шакал Хонтиаменти («первый на Западе», т.е. «первый из мертвых»), сокол, в обличье которого выступает бог Гор — ипостась живого фараона, бык, лев или львица. Эти изображения относятся ко всем периодам истории Древнего Египта. Другими олицетворениями богинь являются змея и скорпион, символ богини Селкет (Серкет).
Египтяне почитали силы, представлявшие для них опасность. Относясь с осторожностью к окружавшим их существам, они представляли их в человеческом обличье и молили их о благосклонности и защите. Однако многие божества продолжали изображаться с головами животных в знак символического напоминания об их природе и власти, а боги с человеческими головами в качестве украшения или вместо короны носили на голове свой зооморфный символ.
Боги жили на небе и в подземном царстве. С помощью молитв и ритуалов египтяне могли пригласить их поселиться в храме, статуе или священном животном. Поэтому египтяне обожествляли некоторых животных и бальзамировали их после смерти. Они мумифицировали ибисов — священную птицу бога Тота, кошек, посвященных богине Хатор-Баст (Бастет), крокодилов, посвященных Себеку, и баранов, олицетворявших бога Хнума.
Пантеон состоял из богов, почитавшихся во всем Египте. Одни ведали космическими и небесными явлениями, другие отвечали за дела государства. Основным богом был солнечный бог Ра, или Амон-Ра, — «создатель мира», глава совета богов. Каждое утро его рождала богиня неба Нут, и он плыл в своей барке через ее живот.
Некоторые боги, тоже почитавшиеся во всем Египте, не занимали определенного места в пантеоне и не имели близких родственных связей с его богами. Главным среди них был Хапи, который олицетворял «ключи Нила», жизненно важные для процветания сельского хозяйства.
В разные периоды истории состав пантеона немного изменялся. Однако в основном это относилось к именам богов или принимаемому ими облику, нежели к их сущности и сфере влияния.
Наряду с богами государственного пантеона люди поклонялись и традиционным местным божествам, или «номовым богам», важным для той или иной области, учитывая ее природу, историю или местные потребности ее жителей.
Итак, в деревнях, вблизи пустынных низин местные боги обычно изображались в облике львов, как Пахет («разрывающая на части»), или в виде шакала, как Вепуат («открыватель путей», «вожатый»), поскольку этих животных считали опасными. Боги-шакалы традиционно покровительствовали некрополям, «городам мертвых», расположенным в пустынных районах. Как главные боги «подземного царства» почитались Хонтаменти и Анубис, подготавливавший тело покойного к бальзамированию или превращению в мумию. Их изображали в виде шакалов.
Среди других почитаемых богов были змея Ренену-тет («владычица плодородия», «управительница закромов»), охранявшая собранный урожай, бык, облик которого принимали бог войны и плодородия Кем-Вер («тот, кто большой и черный») из Атрибиса, а также крокодил Собек («крокодил») из Файюмского оазиса. Точное число богов, почитавшихся в Египте за всю его историю, назвать трудно.
Как и пантеон богов, египетские мифы отражали две главные сферы: во-первых, сотворение и обустройство космоса и, во-вторых, социально-политические отношения, особенно касающиеся наследования царской власти.
В этих преданиях рассказывается, как дали имена богам и местам культа, какими силами наделяли богов и как пришли к власти те или иные фараоны. Космическая и политическая сферы нередко пересекались. Вопросы управления Египтом нередко переносились в небесную сферу, в которой лунный бог Тот мог выступать «визирем» бога солнца Ра. Египетский фараон также наделялся некоторыми «космическими» качествами и считался «заместителем», или «местоблюстителем» (seti), бога Ра на земле.