Рафаэль расписывает две первые станцы. В станце делла Сеньятура (комнате подписей и печатей) он написал четыре фрески-аллегории основных сфер духовной деятельности человека: философии, поэзии, богословия и юриспруденции. Для искусства средневековья и раннего Возрождения было свойственно изображать науки и искусства в образе отдельных аллегорических фигур. Рафаэль решил эти темы в виде многофигурных композиций, представляющих порой настоящие групповые портреты.
Росписи Ватиканских станц, исполненные Рафаэлем, ознаменовали победу светского начала над церковным. Но главным в росписи все же становится общая атмосфера высокой духовности, ощущение силы и мощи человеческого духа и разума.
На ступенях лестницы изображен основатель школы циников Диоген.
В группе людей справа Евклид (или Архмед) с учениками.
У самого края композиции можно увидеть автопортрет самого Рафаэля.
На переднем плане, в состоянии глубокой задумчивости, – Гераклит Эфесский (портретное сходство с Микеланджело).
Во фреске «Афинская школа», олицетворяющей философию, Рафаэль представил Платона и Аристотеля в окружении философов и ученых разных периодов истории. Их жесты (один указывает на небо, другой – на землю) характеризуют существо различий их учений.