Монастырь был основан в 1282 г. первым московским князем Даниилом Александровичем, сыном великого князя Александра Невского. В период правления Ивана Калиты монастырь окружили дубовыми стенами, а во времена царя Ивана IV Грозного его перенесли немного севернее, через овраг, и превратили в мощную крепость. Указ об устроении обители и возведении каменного собора Иван Грозный издал в 1547 г., и через 13 лет он был построен.
На протяжении своей истории Свято-Данилов монастырь неоднократно становился ареной значительных событий в жизни Русского государства. В 1591 г. у его стен располагался «гуляй-городок» — подвижная крепость, принявшая на себя удар полчищ крымского хана Казы-Гирея. В 1606 г. у Данилова монастыря собрал свои полки М.В. Скопин-Шуйский, с тем, чтобы нанести сокрушительный удар по мятежным отрядам И. Болотникова и И. Пашкова. В сентябре 1610 г. отряды Лжедмитрия II подвергли монастырь обстрелу, повредив стены и башни обители.
После Смутного времени обитель быстро восстановили. Монастырь был обнесен кирпичной стеной с 7 башнями. В 1812 г. он вновь сильно пострадал и был разорен французскими солдатами.
В наши дни ансамбль обители полностью отреставрирован, выстроены здания резиденции Патриарха, Священного Синода и Отдела внешних церковных сношений. В 1988 г. в Даниловом монастыре состоялись торжества в честь 1000-летия крещения Руси.