Филогения - часть биологии, рассматривающая вопрос о происхождении организмов друг от друга. Как особая отрасль она почти нигде не преподается и не излагается, хотя входит как необходимая составная часть почти в каждый отдел научного курса. В настоящее время вряд ли найдется хоть один биолог, который не принимал бы учение о филогении или принимал его лишь в ограниченном смысле, например, в пределах отдельных типов, как это делали Кювье и Бэр.
Достаточно доказать, что хотя бы один вид растения произошел от другого, и мы, конечно, должны общий вывод, сделанный из такого даже единичного факта, распространить на все существующие виды, ибо законы, управляющие филогенетическим развитием, одинаковы для всего организованного мира. Типы есть такое же совершенно условное деление, как и всякое другое, и, конечно, реального существования им приписать нельзя. Реальны лишь различия между отдельными особями, различия, которые в минимальной их степени имеют значение индивидуального уклонения, а в максимальной - границы между типами.
Для определения филогенетического родства можно руководиться различными приемами. Конечно, сравнительная анатомия и изучение переходных форм оказывает громадные услуги, но не меньшее значение имеет и сравнительная эмбриология, опирающаяся на сходство ранних стадий высших растений со взрослыми формами низших. Наконец, обильный материал дает нам и палеонтология. Если выяснение филогенетических отношений далеко не закончено, то этому причиной неполнота наших знаний.
Большинство переходных форм вымерло, и многие из них, вероятно, вымерли, не оставив никаких остатков. Да и современная фауна, особенно морская, далеко не изучена окончательно: достаточно сказать, что до последнего времени мы продолжаем находить как в глубине моря, так и на материках такие формы, которые или считались существующими лишь в ископаемом состоянии, или не были известны вовсе.