Реформация нанесла страшный удар по позициям Римскокатолической церкви, вынудив начать преобразования и влить свежие силы в дряхлеющие структуры. Отныне Церковь воинствующая перешла в нападение, решительно очищая себя от порочных, невежественных служителей и направляя в бой верных бойцов, духовных и светских, дабы поразить схизматиков, осмелившихся выступить под своими еретическими знаменами против власти папы.
Это была кровавая битва, в которой с обеих сторон сражались безжалостные фанатики, отягощенная вдобавок вмешательством светских политиков и международными проблемами. Конфликт между протестантами и католиками достиг кульминации в ходе страшной кровопролитной Тридцатилетней войны, опустошившей всю Центральную Европу. К исходу войны это уже была борьба не между протестантами и католиками, но между возрастающей (католической) властью Франции и угасающей (тоже католической) властью Габсбургов, правителей Испании, Австрии и Священной Римской империи, сократившейся к тому времени до размеров Германии.
Стремительное распространение учения Лютера и Кальвина угрожало самому существованию Римскокатолической церкви. В то время как император Священной Римской империи Карл V от имени папы сражался с германскими князьями-протестантами, церковь, осознавая, как далеко отступила от собственных высоких стандартов, задумала процесс обновления. Проводником внутрицерковных реформ стал Тридентский собор, три сессии которого проходили в период с 1541 по 1563 год в городе Тренто на севере Италии, символично близко к лингвистической границе, разделявшей итало- и немецкоговорящую Европу. Собор издал множество декретов относительно практических и доктринальных сторон жизни церкви, утвердил меры, обеспечивающие должный уровень образованности духовенства, — не говоря уже о соблюдении целибата. Гораздо более строгие уставы получили существующие монашеские ордены, чья моральная распущенность была объектом нападок со стороны реформаторов. Было создано много новых орденов, и монашеских, и мирских.
«В молитвах святым, почитании реликвий и святых образов должны быть удалены все предрассудки... и всей похоти избегать...» Декрет 25-й сессии Тридентского собора, 3-4 декабря 1563 года
Самая знаменитая из новых организаций — Общество Иисуса, члены которого, иезуиты, принимали обеты бедности, целомудрия и послушания. Основателем этого дисциплинированного и действенного ордена, созданного в 1534 году, был бывший испанский офицер Игнатий Лойола. Задачей иезуитов, по словам Лойолы, было «сражаться за Господа под знаменем креста» и «побуждать души к христианской жизни и доктрине, распространять веру посредством слова, духовных упражнений, благотворительности и особенно путем воспитания детей и необразованных людей в принципах христианства». Орден стал одной из самых мощных структур католической Европы и главной миссионерской силой во всем мире.
В 1542 году Святой престол создал Святую канцелярию — Верховную конгрегацию Римской и Вселенской инквизиции. Она занималась укреплением и внедрением католической доктрины и была наделена правом инквизиции по отношению ко всем католикам. Во многих странах инквизиция уже существовала, а в остальных была введена. Испанская инквизиция с 1478 года преследовала крещеных евреев, подозреваемых в вероотступничестве, а с началом Реформации вознамерилась изжить протестантизм во всей Испанской империи (включавшей к тому моменту и Нидерланды). Инквизиторы допрашивали подозреваемых в ереси в церковных судах, а затем передавали их светским властям для наказания, «не... для исправления наказуемого, — как гласило руководство для инквизиторов, выпущенное в 1578 году, — но для общественного блага, дабы прочие устрашились и отверглись зла, коему могли подвергнуться». Виновных в ереси сжигали заживо, устраивая публичное зрелище, аутодафе — «акт веры». В период с 1575 по 1610 год в одном только испанском городе Толедо 366 человек постигла эта страшная кара. А по всей стране их судьбу разделили тысячи.
Столкновение противоборствующих религиозных идей, как всегда бывает, сопровождалось жестокостями и насилием. Самым рьяным поборником католицизма стал сын императора Карла V, король Испании Филипп II. Хотя он и стремился ограничить власть церкви в собственных владениях, его попытки искоренить протестантскую ересь в Голландии привели к Нидерландской революции 1567 года.
Поддержка повстанцев со стороны англичан побудила Филиппа в 1588 году направить к английским берегам Великую армаду, но кампания завершилась позорным провалом. Филипп вмешался и во французские Религиозные войны (1562— 1598), в ходе которых французские гугеноты (кальвинисты) сражались за свободу вероисповедания, а католическая и протестантская знать стремилась к контролю над королевской властью. Чудовищное событие произошло в 1572 году, когда накануне Дня святого Варфоломея были зверски убиты более 13 000 протестантов. Войны закончились в 1598 году подписанием Нантского эдикта, согласно которому гугеноты получали религиозную свободу.
Хотя Франции удалось на некоторое время разрешить свои внутренние религиозные проблемы, вскоре Европа оказалась впутана в гораздо более масштабное религиозное противостояние, Тридцатилетнюю войну. По сути, это был сложный комплекс конфликтов, начавшийся с восстания в самой Священной Римской империи, поднятого чешскими протестантами против правления австрийских Габсбургов.
Восстание было подавлено, но в 1620 году испанские Габсбурги выступили против князей-протестантов Германии, а к ним присоединился император Фердинанд II. Встревоженный таким развитием событий король протестантской Швеции Густав II Адольф вступил в войну в 1630 году и успел одержать немало побед, но погиб в 1632-м в битве при Лютцене. Три года спустя на стороне германских протестантов выступила Франция. С этого момента война носила более политический, нежели религиозный характер: сама Франция была страной католической, но с начала XVI века враждовала с Габсбургами и осознавала, что ее положение в Европе зависит от сохранения позиций Испании и империи. Война, продолжавшаяся до 1648 года, закончилась Вестфальским миром, по которому была признана независимость Голландии, а религиозная карта Европы приобрела более или менее привычный нам вид.
«Это была самая лучшая, самая радостная новость» Филипп II Испанский, после получения известия о резне, учиненной над французскими протестантами в Варфоломеевскую ночь, август 1572
Но цена за это была уплачена чудовищная: только в Германии в ходе военных действий и их последствий — голода и эпидемий — погибло более 7 миллионов человек: мужчин, женщин, детей — две трети населения страны. И еще много поколений сменилось, прежде чем Германия смогла восстановиться.
В 1559 году, осознавая опасность, которую несет книгопечатание, способствовавшее распространению учения протестантов, папа издал «Индекс запрещенных книг» — тех, что запрещено было читать католикам, — побуждая паству старательно очистить книжные полки от всего предосудительного. Один из римских исследователей назвал это «литературным холокостом». Этот указ угрожал и научному прогрессу: например, труд Коперника «О вращении небесных сфер», в котором доказывалось, что Земля вращается вокруг Солнца, а не наоборот, оставался в «Индексе» вплоть до 1835 года.