Избрание нового царя Михаила Федоровича Романова (1596—1645) ознаменовало завершение периода политической нестабильности, но экономическое положение в стране оставалось крайне тяжелым. Хозяйство находилось в упадке, интервентами было вывезено большое количество материальных ценностей, значительно сократились поступления в казну — как от внешней торговли, так и от налогообложения. Кроме того, Русь понесла значительные территориальные потери: Смоленск был занят Польшей, западная и большая часть восточной Карелии были захвачены шведами. В 1617 г. со Швецией был заключен мирный договор, по которому русское государство уступало Ивангород, Копорье, Ямбург, Орешек и выплачивало 20 тыс. счетных рублей серебром.

В годы правления нового царя все монетное дело постепенно сконцентрировалось в Московском Кремле. В 1613 г прекратили работу Ярославский и Временный московский монетные дворы, а Новгородский и Псковский были закрыты в 20-х гг. XVII в.

Новая московская власть впервые со времен Бориса Годунова возродила традицию чеканить весь диапазон номиналов денег (копейка, деньга, полушка) и подняла весовую норму для копейки до 0,61 г. Однако бюджет не мог долго выдерживать этих популистских мер, и уже в 1626 г. произошло очередное официальное снижение веса серебряной копейки до 0,47 г. Соответственно был снижен вес деньги и полушки.

На лицевой стороне копейки и деньги традиционно находились изображения всадника с копьем или саблей (мечом). Кроме того, на копейках располагалось обозначение монетного двора: для Московского - «МОСКВА», или «МО», или просто «М», для Новгородского - «НРКЕ», «НГДО», «НГД», «НОГ» или «НГ», для Псковского - «ПС» или «PS». На оборотной стороне монет был расположен текст старорусскими буквами с именем и титулом правящей особы: «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ МИХАИЛ» (имя нового царя могло также писаться как «Михаило» или «Михаилъ») или «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ МИХАИЛ ФЕДОРОВИЧ ВСЕЯ РУСИ».

На лицевой стороне полушки находилось изображение птицы, а на оборотной - надпись «ГОСУДАРЬ» («ГдРь»).

Михаил Федорович скончался 13 июля 1645 г. от водяной болезни в возрасте 49 лет. Он был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. Буквально на следующий день после кончины Михаила Федоровича на русский престол вступил его сын Алексей Михайлович (16291676). Несмотря на то, что этот правитель получил прозвище «Тишайший», в годы его правления был принят ряд серьезных решений и произошло множество крупных событий: в 1649 г. был принят новый свод законов «Соборное уложение», в 1654 г произошло воссоединение Украины с Россией, и в том же году была предпринята попытка провести очередную денежную реформу. На эпоху царствования Алексея Михайловича также приходятся Соляной (1648 г.) и Медный (1662 г.) бунты, Соловецкое восстание (1668-1676 гг.) и крестьянская война под предводительством Степана Разина.

В первое десятилетие правления Алексея Михайловича на Московском монетном дворе чеканили серебряные копейку и деньгу старого образца, лишь поместив на оборотную сторону имя и титул нового правителя: «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ МИХАЙЛОВИЧ ВСЕЯ РУСИ» или  «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ» старорусскими буквами. Более существенно изменился внешний вид полушки. На ее лицевой стороне появилось изображение двуглавого орла, увенчанного тремя коронами, а на обороте поместили надпись «ЦРЬ». Весовая норма монет сохранилась прежней: копейка - 0,48 г, деньга - 0,24 г и полушка - 0,12 г.

В 1654 г. правительством Алексея Михайловича было принято решение, оставив в обращении старые серебряные копейки, в дополнение к ним выпустить монету рубль, т. е. номинал, который ранее являлся лишь счетной единицей. Так началась широкомасштабная, но очень неудачная и тяжелая по своим последствиям попытка провести очередную денежную реформу.

Для изготовления новой монеты планировалось использовать закупаемые у иностранных купцов талеры, а затем просто перечеканивать находящиеся на их поверхностях изображения и надписи. При этом монета сохраняла вес и размеры оригинала, что привело к тому, что вводимый в обращение серебряный рубль равнялся 64 серебряным копейкам. Кроме рубля, на секторах разрубленных на 4 части талеров начали чеканить полуполтины номиналом в 1/4 рубля, т. е. 25 копеек, и фактической стоимостью 16 копеек на серебро.

При Алексее Михайловиче была начата чеканка медных монет — полтинник (номинал 50 копеек), алтын (номинал 3 копейки) и грошевик (2 копейки). Естественно, их стоимость по сравнению с серебряными монетами была ниже (на тот момент медь была почти в 60 раз дешевле серебра), поэтому вводились они по принудительному курсу.

На лицевой стороне рубля, в середине внутреннего кольца, находилось изображение всадника в царской шапке и со скипетром в правой руке и с прижатой к груди левой. Между внутренним и внешним кольцом проходила надпись старорусскими буквами: «БОЖИЕЮ МИЛОСТИЮ ВЕЛИКИЙ ГОСУДАРЬ, ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ МИХАЙЛОВИЧ ВСЕЯ ВЕЛИКИЯ И МАЛЫЯ РОССИИ». На оборотной стороне, на фоне узорчатой рамки, был изображен двуглавый орел, увенчанный короной. Над ним старославянскими буквами указывалась дата чеканки монеты «ЛЕТА 7162» (т. е. дата указывалась «от сотворения мира»), а под ним ее номинал — «РУБЛЬ». Медная полтина имела похожее оформление, но, естественно, на оборотной стороне находилось указание — «ПОЛТИННИК». Серебряные полуполтинники на лицевой стороне также имели изображение всадника в царской шапке и со скипетром в руке, только окружен он был орнаментом в виде крупных бусин. Здесь же находилось текстовое указание номинала монеты, разбитое на три части «ПОЛ-ПОЛ-ТИН». На оборотной стороне был указан несколько сокращенный царственный титул: «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ МИХАЙЛОВИЧ ВСЕЯ РУСИ». Среди орнамента, окружающего надпись, старорусскими буквами указывалась дата чеканки монеты — «7162».

На лицевой стороне монет алтын и грошевик находилось изображение всадника с опущенным копьем в руке, под ним номинал — «АЛТЫН» или «4 ДЕНЬГИ». На оборотной стороне указывалось имя и титул царствующей особы: «ГОСУДАРЬ ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ МИХАЙЛОВИЧ ВСЕЯ ВЕЛИКИЯ И МАЛЫЯ РОСИИ САМОДЕРЖЕЦ».

Вскоре оказалось, что Московский монетный двор с его отсталой ручной технологией не в состоянии справиться с поставленной перед ним задачей. Поэтому выпуск круглых монет (и серебряных, и медных), имеющих большое достоинство, был прекращен, а мелкие медные начали чеканить по старому способу — на расплющенной проволоке. В начале 1655 г. правительство Алексея Михайловича вовсе отказалось от использования неполноценного серебряного рубля и полуполтины, и русская денежная система практически полностью вернулась к старому набору номиналов серебряных монет — копейка, деньга, полушка.

Следующим шагом в том же 1655 г. стало изготовление из меди копейки и деньги, имеющих вес серебряных денег и приравненных к последним в цене. При этом все налоговые платежи принимались только в серебряной монете. Ее в ограниченных количествах продолжали чеканить только на Московском монетном дворе, а широкомасштабный выпуск медной монеты был налажен на специально созданном Новом (после этого Московский монетный двор начали называть Старым), восстановленных Псковском и Новгородском и Кукейносском (был размещен во взятой у шведов в 1656 г. крепости Кукейнос) монетных дворах.

Находящиеся в обращении медные деньги (в основном копейки) постепенно падали в цене, что привело к спекуляции и негативно отразилось на торговле. Дошло до того, что за 1 рубль серебром давали 17 рублей медью. К 1659 г. серебряные монеты практически полностью исчезли из оборота. С 1661 г. русские медные деньги совсем перестали принимать на Украине, а вскоре и по всей Руси на них отказывались продавать хлеб. Доведенное до отчаяния население в 1662 г. подняло восстание, вошедшее в историю под названием «Медный бунт». И хотя оно было жестоко подавлено правительством, уже в следующем году с большими потерями для бюджета (хотя выкупали медные деньги по курсу от 5 до 1 серебряной копейки за 1 рубль медью) был осуществлен возврат к «старой» серебряной системе.

Медная копейка, введенная в обращение Алексеем Михайловичем, имела не только вес своего серебряного аналога, но и практически полностью повторяла его оформление. Небольшая разница состояла лишь в том, что на ее оборотной стороне находилась надпись с новым титулом царя: «ГОСУДАРЬ ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ АЛЕКСЕЙ МИХАЙЛОВИЧ ВСЕЯ ВЕЛИКИЯ И МАЛЫЯ И БЕЛЫЯ РОСИИ САМОДЕРЖЕЦ». Медная деньга полностью соответствовала своему серебряному аналогу.

Алексей Михайлович скончался 30 января 1676 г. в возрасте 47 лет. Он был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. 1 сентября (в те годы это была дата начала нового года) 1674 г. Алексей Михайлович составил завещание, объявив своего сына Федора (1661—1682) наследником престола, несмотря на то что тому шел всего 14-й год. Год спустя Федор Алексеевич стал государем всея Руси. 18 июня 1676 г. он был коронован в Успенском соборе Московского Кремля. Как писал известный русский историк В. О. Ключевский, от слабого, болезненного Федора нельзя было ожидать сильного личного участия в тех преобразованиях, в которых нуждалась Россия. Федор мог быть преобразователем, лишь находясь в четырех стенах своей комнаты и спальни.

До 1680 г. вес серебряной копейки сохранялся на прежнем уровне, и счетный рубль содержал около 46—48 г серебра. Затем ее весовую норму снизили до 0,42 г. В остальном чеканившиеся при Федоре Алексеевиче серебряные монеты копейка и деньга практически полностью соответствовали аналогичным монетам периода правления Алексея Михайловича, с той лишь разницей, что на их оборотную сторону поместили имя и титул нового правителя: «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ ФЕДОР АЛЕКСЕЕВИЧ ВСЕЯ РУСИ». Более существенно изменился внешний вид полушки. На ее лицевой стороне расположили изображение птицы, а на обороте поместили надпись «ГОСУДАРЬ».

Федор Алексеевич скончался 27 апреля 1682 г. в возрасте 21 года, не сделав распоряжения относительно престолонаследия. Он был похоронен в Архангельском соборе Московского Кремля. После этого русский престол фактически заняла дочь Алексея Михайловича — царевна Софья (1657—1704), назначенная регентшей при двух малолетних братьях Иване (он же Иван V, 1666— 1696) и Петре (он же Петр I, 1672—1725). Вслед за этим произошло очередное снижение веса серебряной копейки. В результате счетный рубль в период шестилетнего правления Софьи Алексеевны содержал около 36 г серебра. В пересчете на стандарты мер того времени из одного золотника серебра (4,27 г) чеканили 4 алтына (12 копеек).

Серебряные монеты алтын, копейка и деньга в этот период выпускались раздельно, от имени каждого из братьев — ведь и тот и другой были возведены на престол одновременно. По принципу оформления (алтын, как и копейка, нес на своей лицевой стороне изображение всадника с копьем, но был больше по размеру и богаче украшен) и весу монеты обоих правителей были идентичны и различались лишь надписью старорусскими буквами на оборотной стороне: «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ ИВАН АЛЕКСЕЕВИЧ ВСЕЯ РУСИ» и «ЦАРЬ И ВЕЛИКИЙ КНЯЗЬ ПЕТР АЛЕКСЕЕВИЧ ВСЕЯ РУСИ».

Эта практика продолжалась до смерти Ивана Алексеевича, после чего Петр Алексеевич стал единовластным правителем. А через два года после этого, в 1698 г., произошло последнее, но очень существенное снижение веса серебряной копейки — до 0,28 г. Как считают специалисты, это было сделано в преддверии денежной реформы Петра Алексеевича для сближения веса русского счетного серебряного рубля с общепризнанным европейским денежным эквивалентом — талером, вес которого в этот период равнялся 28,1 г. Указом от 28 августа 1698 г. Московскому монетному двору было велено «для многих своих великого Государя прибыльных расходов и для нынешней службы деньги делать против прежнего из золотника с прибавкой». «Прибавка» оказалась весьма значительной — из золотника начали делать не 4, а 5 алтын.