Падение коммунистических режимов в Восточной Европе высвободило множество новых конфликтов, в том числе межнациональных. Тяжёлые последствия вызвал распад Социалистической Федеративной Республики Югославии (СФРЮ). Границы составлявших страну республик были установлены искусственно, исходя из политических и экономических соображений. В результате в двух республиках СФРЮ — Хорватии, а также в Боснии и Герцеговине — сербы населяли значительные территории, т. е. жили за пределами собственно Сербии.
В 1990 г. националисты возобладали в руководстве большинства республик СФРЮ, и правящая партия — Союз коммунистов Югославии — распалась. В Республике Сербии организация коммунистов была переименована в Социалистическую партию. Возглавил её Слободан Милошевич.
В основном национальные лидеры Югославии выступали за переустройство своих стран по западным образцам и получили за это поддержку Запада. В Хорватии на выборах победили националисты во главе с Франьо Туджманом. В Боснии и Герцеговине, где проживало мусульманское, хорватское и сербское население, каждая национально-религиозная группа имела своих лидеров, в столице Сараеве наибольшее влияние приобрёл мусульманский лидер Илия Изетбегович, опиравшийся на поддержку как государств Запада, так и исламских стран. Ему противостоял здесь сербский лидер Радован Караджич.
В июне 1991 г. Словения и Хорватия вышли из СФРЮ. Югославская армия попыталась взять эти республики под контроль, но в них уже были свои национальные вооружённые формирования, созданные националистическими партиями. Самой короткой оказалась война за независимость Словении: после первых бомбардировок югославское руководство вынуждено было отказаться от борьбы за эту страну — в тылу выступили хорваты. Югославской армии удалось занять те районы Хорватии, в которых жили сербы. Постепенно из армии единой Югославии уходили представители разных республик, и она стала преимущественно сербской.
В 1991 —1992 гг. из состава Югославии вышли все республики, кроме Сербии и Черногории. Именно они образовали в апреле 1992 г. Союзную Республику Югославию (СРЮ).
Независимость республик, отделившихся от Югославии, была быстро признана странами Запада, и югославской армии пришлось покинуть их территории.
Однако в Хорватии сербы создали самостоятельную республику Сербскую Краину, и её ополчение продолжало защищать свою территорию от хорватской армии.
Распад страны привёл к новым кровавым конфликтам. В ходе войн в бывшей Югославии националисты проводили этнические чистки — убивали людей «не той» национальности, чтобы освободить от них спорные земли. Хорваты притесняли сербов, оставшихся на их территории, и вооружённое противостояние не прекращалось. В 1992 г. вспыхнула кровавая война в Боснии между мусульманами, хорватами и сербами. Мусульмане и хорваты сформировали правительство Изетбеговича, которое было признано ООН. Сербы отказались подчиняться этому органу и выступили за присоединение сербских районов Боснии к СРЮ. Но Милошевич не решался поддержать их требования, и они создали самостоятельную Республику Сербскую. Запад и мусульманские страны были на стороне мусульман и хорватов, а СРЮ — на стороне сербов. Вскоре «передрались» между собой мусульмане и хорваты.
Армия Республики Сербской во главе с Радко Младичем нанесла поражение мусульманам и осадила столицу Боснии Сараево. Мусульманам и хорватам удавалось договориться о совместной борьбе с сербами. ООН объявило эмбарго на поставки оружия в Боснию и Герцеговину. Этот запрет нарушался, оружие из-за рубежа поставлялось всем сторонам конфликта. Но поскольку государства НАТО и исламские страны поддерживали Изетбеговича, они закрывали глаза на поставки оружия мусульманам и хорватам. Западные средства массовой информации обвиняли в разжигании конфликта и в жестокости только сербов. Были сфальсифицированы съёмки сербских «концлагерей» — в реальности лагерей беженцев, жители которых могли их свободно покинуть. Против Югославии ввели международные санкции. Был создан Международный трибунал в Гааге для расследования военных преступлений в бывшей Югославии; его деятельность носила преимущественно антисербский характер.
Крупнейшее военное преступление сербов — расстрел пленных после взятия Сребреницы. Меньшее внимание мировые СМИ обращали на уничтожение сербских мирных жителей хорватами и мусульманами.
Особенно жестокие расправы произошли в августе — сентябре 1995 г., когда хорваты разгромили Сербскую Краину и выгнали из Хорватии 300 тыс. мирных жителей, убивая беженцев по дороге.
В августе 1995 г. страны НАТО открыто вмешались в конфликт. Они подвергли воздушным бомбардировкам сербские войска и мирное население в Боснии и Хорватии.
21 ноября 1995 г. после переговоров в Дейтоне под давлением США было заключено соглашение, которое предоставило сербам и хорватам автономию в рамках Боснии. Территория Автономной Сербской Республики была сильно сокращена. Для поддержания мира в Боснию были направлены миротворческие войска, основную часть которых составляли войска НАТО. В эти войска также входил и российский батальон. Лидеры Республики Сербской были объявлены военными преступниками, однако силам НАТО не удалось захватить Караджича и Младича. Их продолжает укрывать сербское население. Ведущие государства НАТО опробовали свою новую роль «мирового полицейского», который считает себя вправе разрешать мировые конфликты силой по своей воле.
В 1997 г. финансовый кризис в Албании привёл к серьёзным социальным волнениям. Массы разорившихся албанцев захватили оружейные склады, свергли прозападное правительство. Стране была оказана экстренная помощь, сюда вошли итальянские войска. Но эти меры, погасившие острый социальный конфликт, не решили проблему бедности и политического экстремизма в Албании. Тогда западноевропейские руководители решили «убить двух зайцев» — направить социальную активность албанцев в русло национальной борьбы и нанести новый удар по режиму Милошевича. Албанцы включились в операцию по отделению от Сербии края Косово.
С 1998 г. активизировалась террористическая деятельность в населённом албанцами и сербами Косове, входившем в Сербию — одну из двух (наряду с Черногорией) республик Югославии. Вооружённые акции организовывала албанская партизанская Освободительная армия Косова, которая получала поддержку из соседней Албании.
До этого движение албанцев Косова во главе с Ибрагимом Руговой было ненасильственным. Теперь в ответ на взрывы и вооружённые нападения сербские войска стали прочёсывать местность, задерживать подозрительных людей. В странах Запада возобновилась кампания против нарушений прав человека в Сербии. Край начали покидать беженцы — и албанцы, и сербы. Тогда страны НАТО потребовали от президента Сербии Милошевича вывести из Косова войска. Первоначально сербы под угрозой вмешательства НАТО сократили свои операции против террористов, но Освободительная армия Косова воспользовалась этим для активизации терроризма. В крае гибли люди разных национальностей, но мировые средства массовой информации, защищавшие позицию НАТО, обвиняли сербов в массовых убийствах мирного населения. Впоследствии выяснилось, что количество жертв в Косове было сознательно преувеличено в сотни и тысячи раз.
Лидеры албанского национального движения требовали отделения Косова от Югославии и Сербии. В феврале 1999 г. страны НАТО на переговорах в Рамбуйе под Парижем предъявили сербам ультиматум: или ввод в Косово войск НАТО и предоставление краю широкой автономии, или применение силы в отношении Югославии. Представители Югославии были готовы согласиться на автономию края, но выступали против оккупации части их территории войсками НАТО. Однако, несмотря на трудности переговорного процесса, сербам и албанцам удалось максимально сблизить свои позиции. В этот момент представители государств НАТО предъявили сербам новые, совершенно неприемлемые для них условия. Таким образом, переговоры были сорваны.
24 марта 1999 г. Генеральный секретарь НАТО Хавьер Салана впервые в истории блока отдал приказ бомбить суверенное государство. Российский премьер Е. Примаков, направлявшийся с визитом в США, даже развернул в тот день самолёт, отказавшись ехать с официальным визитом в Вашингтон к организаторам агрессии.
Самолёты НАТО начали бомбардировки Югославии. Агрессия против неё привела к многочисленным жертвам среди мирных жителей, в том числе и албанцев. Под бомбами погибло более 2 тыс. человек. В Косове началось наступление сербской армии. Сотни тысяч албанцев бежали из края в Албанию и Македонию. Югославы смогли сбить несколько самолётов НАТО.
Агрессию осудили Россия, Китай и Индия, по всему миру прошли массовые демонстрации против политики стран НАТО. Но ООН показала свою беспомощность в борьбе с агрессией в Европе. Даже Ругова — лидер албанцев Косова выступил за прекращение бомбардировок Стало ясно, что США и их союзники защищают в этой войне не права албанцев, а собственные интересы. 7 мая американцы нанесли удар по посольству Китайской Народной Республики в Белграде. Погибло трое китайских граждан. Другой ракетой был взорван пассажирский поезд, в котором также погибли ни в чём не повинные люди.
В ходе агрессии против Югославии авиация НАТО впервые в истории войн применила графитовые бомбы, лишив электричества ряд районов Сербии.
2 июня этого же года при посредничестве России и Финляндии президент Югославии Слободан Милошевич согласился допустить в Косово международный контингент, ядро которого составили войска НАТО. Но по договорённости в нём должны были быть представлены войска и других государств, включая Россию. Условием ввода войск было сохранение формального суверенитета Югославии над Косовом.
После прекращения бомбардировок Югославии лидеры НАТО стали претендовать на полное руководство международным контингентом в Косове. Без признания этой «руководящей роли» НАТО отказывалось допустить в Косово российский контингент. Тогда из подчинения НАТО вышел российский батальон в Боснии. Неожиданный четырёхчасовой ночной марш-бросок 200 российских десантников позволил им прибыть в центр Косова раньше войск НАТО. Восторженно встреченные в Югославии, российские десантники взяли под контроль аэродром Сталина в пригороде административного центра Косова города Приштины. Этот акт облегчил признание автономного статуса российских миротворческих сил в Косове и во многом испортил генералам НАТО «день победы». Только в 2003 г. под давлением государств НАТО российские миротворцы покинули Косово.
Албанцы вернулись в край. Но ввод войск НАТО привёл к новой гуманитарной катастрофе — албанские экстремисты убивают сербов и взрывают сербские храмы. Из Косова бежали десятки тысяч сербов, нестабильность в регионе сохраняется.