Заупокойный храм Хатшепсут расположен у подножия гор Дейр эль-Бахри, вдалеке от остальных построек. К храму вела процессионная дорога, ширина которой составляла около 37 метров, а с обеих сторон располагались ярко раскрашенные сфинксы. Перед храмом находился сад необычных для этой местности деревьев и кустарников, родина которых была страна Пунт. Здесь же были сделаны два священных озера. Сам храм был вырублен в скале и состоял из 3 больших террас. Террасы, расположенные одна на другой, включали в себя открытый двор, портики (крытое сооружение с колоннами) и святилища, расположенные в глубине скалы. Ярусы были соединены между собой наклонными дорогами, которые делили террасы на южную и северную части.
Стены храма украшены рельефами, которые отражают мироощущение египтян. Например, на южной части нижнего портика показаны сцены перевоза обелисков, сделанных в Верхнем Египте для храма, расположенного в Каркане. На северных портиках изображены сцены, происходящие в тростниковых зарослях, расположенных в Нижнем Египте. Таким образом, композиции портиков символизируют единство обеих земель. Рельефы второй террасы посвящены правителю, во власти которого участь этих земель.
Неподалеку от портиков размещаются святилища Анубиса и Хатхор. Анубис является хозяином некрополей, а богине Хатхор была посвящена земля Дейр эль-Бахри. Каждое святилище имеет по 12 гипостильных залов, украшенных колоннами. Залы вписаны в террасу и врезаны в глубь скалы. Колонны, находящиеся в Хатхор, оканчиваются капителями, сделанными в виде лица данной богини. Верхняя часть храма прославляет богов. Около дворца третьей террасы находятся святилища почитаемого Божественного солнца Ра и родителей Хатшепсут - Тутмоса I и Яхмес.
В период раннего христианства из храма Хатшепсут была сделана коптская церковь. Позже храм был разрушен. В настоящее время благодаря труду реставраторов удалось восстановить третью террасу.