У тихоокеанского побережья Южной Америки проходит холодное Перуанское течение, которое усиливает суровость климата этих мест: именно здесь располагались сухие и холодные пространства, занятые пустынями и полупустынями. Например, вдоль побережья Чили тянется пустыня Атакама, богатая селитрой, одно из самых засушливых мест на планете. Однако рыбаки Перу всегда были довольны уловом:ведь благодаря этому течению с глубин поднимались холодные воды, богатые кислородом, было много планктона, которым питалась рыба. Однако раз в несколько лет вода сильно теплела. Вместо холодных глубинных вод к побережью подходили тёплые воды, которые останавливали развитие планктона, и рыба в поисках пищи уходила от берегов дальше в открытый океан. Люди заметили, что случается это накануне праздника католического Рождества, 25 декабря.
Это течение возникает не каждый год, а примерно один раз в 3—5 лет. Происходит резкое изменение температуры (примерно на 9 °C) в поверхностном слое воды в восточной части Тихого океана. Обычно огромная масса воды, нагретая у экватора, перемещается под действием течений и ветров от Южной Америки в сторону Азии. Но иногда, когда ослабевает восточный пассат, отгоняющий тёплую поверхностную воду от берегов Южной Америки, эти тёплые воды поворачивают обратно, так и образуется течение Эль-Ниньо. Тёплая вода начинает интенсивно испаряться, возникают облака и атмосферные вихри, вызывающие тайфуны. Энергия, которую получает атмосфера от океана, не исчезает, а проявляется в разрушительных явлениях природы.
Появление у берегов Перу Эль-Ниньо влечёт за собой засухи, пожары, ливневые дожди, вызывающие затопление огромных территорий. Иногда это превращается в настоящую катастрофу: явление Эль-Ниньо в декабре 1996 года вызвало дожди в пустыне Атакама, чего не случалось около 15 лет! В результате дождей со склонов Анд, прежде сухих, начали сходить грязевые потоки-сели, уничтожая на своём пути селения людей.
Эль-Ниньо влияет на изменение климата не только в Южной Америке. При повороте тёплых вод, например, в Индонезии уменьшается влажность воздуха и часто возникают сильные пожары и засухи. Влияет Эль-Ниньо даже на Антарктиду, где в морях Беллинсгаузена и Амундсена на это время становится относительно теплее, приходят осадки и увеличиваются снежный и ледяной покровы.