Удивителен и разнообразен растительный мир Японии. Более половины территории страны покрыто лесами. На севере Японии произрастают в основном хвойные породы деревьев: ель, сосна, пихта. В южной части страны преобладают дубы и клены, а также бук.
На острове Хонсю распространены широколиственные и хвойные леса. На горных склонах Сикоку и Кюсю растут вечнозеленый дуб и магнолия японская. В этих регионах преобладают субтропические и тропические растения. На островах Рюкю, в том числе Окинаве, произрастают даже пальмы, бамбук, фикусы, древовидные папоротники, орхидеи.
В некоторых частях страны, растет японская криптомерия. Можно увидеть деревья, возраст которых превышает 2 тыс. лет. В высоту они могут достигать 45 м. Горные вершины острова Хонсю покрывают альпийские луга.
Что касается животного мира Японии, то по сравнению с материковым он беднее, а имеющиеся здесь виды мельче. Их даже зачастую называют японскими подвидами. Это можно объяснить отдаленностью японских островов от материка. В горных регионах страны водятся бурые медведи, волки, соболи, горностаи и лисы, горные антилопы и ласки. На юге обитают японские макаки. Из птиц встречаются журавли, аисты, орлы, совы, ласточки, синицы, скворцы, дятлы.
В реках страны водятся карпы, сомы, угри; в прибрежных морских водах — тихоокеанская сельдь, иваси, тунец, камбала, треска, а также устрицы, крабы, креветки.
В искусственных водоемах живут карпы кои (или парчовые карпы), завезенные в Японию из других стран. В Японии карп кои является символом стоицизма и мужества, поэтому изображение карпа наносят на свое тело любители татуировок.